শিরীন শারমিন চৌধুরীর বিরুদ্ধে একটি হত্যা মামলা রয়েছে। রংপুরে গুলিবিদ্ধ হয়ে স্বর্ণশ্রমিক মুসলিম উদ্দিন নিহত হওয়ার ঘটনায় ২০২৪ সালের ২৭ আগস্ট তার বিরুদ্ধে মামলা করা হয়।